Die AGFK MV gibt es seit 2017 als Initiativkreis engagierter Kommunen und seit Oktober 2020 als eingetragenen Verein. Das Vorbild für diese Struktur sind vergleichbare Arbeitsgemeinschaften in mittlerweile fast allen Bundesländern. Mitglied in der AGFK MV können Städte, Gemeinden, Ämter und Landkreise werden.