Der Vorstand der AGFK MV e. V. besteht aus Oberbürgermeistern und BürgermeisterInnen der Mitglieds-Kommunen. Der Vorsitzende und seine Stellvertreter sind die gesetzlichen Vertreter der AGFK MV e. V. (zusätzlich ist die Geschäftsführung gemäß Satzung als besonderer Vertreter bestellt, die Geschäftsführung ist an die Weisungen des Vorstandes gebunden). Die Vorstandsmitglieder werden von der Mitgliederversammlung für die Dauer von drei Jahren gewählt. Die letzte Vorstandswahl fand im Oktober 2020 statt.